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LSCO:潜在空间密码子优化提升蛋白表达

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AI 综述

Alberto Caron 等作者提出潜在空间密码子优化方法 LSCO,把离散的密码子选择问题映射到预训练 mRNA 语言模型的潜在空间,从而进行基于梯度的搜索。 该方法结合不确定性感知预测器的表达目标、最小自由能正则项、蛋白到密码子回译模型的自然性先验与约束解码。作者称,在真实湿实验抗体表达数据集上,LSCO 的预测表达优于频率法和现代深度生成基线,并保持合适的生物物理性质。

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报道时间线

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10月23日
  1. arXiv cs.AI
    LSCO:预测器引导的潜在空间密码子优化,提升蛋白表达

    研究提出潜在空间密码子优化(LSCO),将离散密码子选择问题映射到预训练 mRNA 语言模型的潜在空间,实现基于梯度的搜索。LSCO 结合不确定性感知预测器的表达目标、最小自由能正则项、蛋白到密码子回译模型的自然性先验与约束解码。在真实湿实验抗体表达数据集上,其预测表达优于频率法和现代深度生成基线,并保持合适的生物物理性质。

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