tgv：面向人类与 AI 智能体的终端基因组浏览器

0.4.0.mp4

随时随地探索基因组。

tgv（Terminal Genome Viewer）速度极快。你的 SSH 会话不再是黑箱。

使用 vim 风格的命令浏览基因组（鼠标也可以操作）。
丰富的文件格式支持：BAM、VCF、BCF、BED、bigBed；对象存储（s3）；以及任何 UCSC 参考基因组。
tgv GUI 即将推出。

为人类与智能体协作而设计。

备好食材，让你的智能体下厨。

tgv 将杂乱的组学数据整理成一个高性能数据引擎，并通过 MCP 完全暴露给智能体。一次多组学分析只需几行 SQL 查询。

不再需要把 samtools、bcftools 和 awk 串起来的胶水脚本。
不再有混用 0 基和 1 基工具导致的差一错误。
不再浪费 token。

安装

注意

tgv 仍处于早期开发阶段。请报告 bug，我们会尽快修复。

cargo：cargo install tgv --locked
brew：brew tap zeqianli/tgv && brew install tgv
bioconda：conda install bioconda::tgv
预编译二进制文件：GitHub Releases

安装 tgv MCP：

Codex：codex mcp add tgv -- tgv mcp
Claude：claude mcp add tgv -- tgv mcp
其他：询问你的智能体

TUI 快速开始

# Browse the hg38 human genome (internet needed)
tgv

:q：退出
h/j/k/l：左 / 下 / 上 / 右。H/J/K/L 可加快导航
W/B/w/b：下一个基因 / 上一个基因 / 下一个外显子 / 上一个外显子
z/o：放大 / 缩小
/_gene_ / /_chr_:_position_：跳转到某个基因（例如 /TP53）或某个位置（例如 /1:2345）
_number_ + _movement_：重复移动（例如 20B：后退 20 个基因）
:ls：切换染色体
:e _file_：打开更多文件，或将它们拖入终端
鼠标：点击、滚动、拖拽和悬停。

完整按键绑定

用法

如果你经常使用某个参考基因组，强烈建议下载本地缓存。这会让 TGV 快得多。

# The cache is in ~/.tgv by default.
tgv download hg38

浏览比对结果：

# View file aligned to the hg38 human reference genome
tgv file1.sorted.bam s3://my-bucket/file2.sorted.bam variants.vcf intervals.bed

# BAM file with no reference genome
tgv non_human.bam -r 1:123 --no-reference

文档