arXiv cs.AI· Hao Xuan, Yu Huang, Jiang Bian, Xiangtao Liu·· 12 小时前AI 评分31
scPyviewer：直接读取 AnnData 的 Python 原生单细胞交互查看器
scPyviewer: a Python-native interactive viewer from AnnData single-cell data
AI 导读
scPyviewer 是一款直接读取 AnnData 对象的 Python 原生网页查看器，无需转换为 Seurat 即可复现 R Shiny 工具的交互模式。
正文 · AI 翻译
摘要：动机：使非程序员能够探索单细胞数据集、嵌入、基因表达、元数据和标记基因的交互式网络工具是标准的实验室基础设施。然而，积极维护的工具（例如 ShinyCell、ScRDAVis、sCIRCLE）依赖 R Shiny 并需要 Seurat 对象。Python/scanpy 是单细胞 RNA-seq 和空间分析的主导框架，但缺少一个轻量级、原生的选项，将可共享的查看器与可脚本化的 Python API 配对。目前共享 scanpy 结果需要转换为 Seurat 或共享代码笔记本。
结果：我们提出了 scPyviewer，一个直接接收 AnnData 对象的网络查看器，并在 Python 技术栈内复现现有交互模式。在与三个 R Shiny 工具的功能对等审计中，scPyviewer 达到或超过基线能力（7/7），独特地提供无需转换的原生 AnnData 接收，以及跨数据集比较共享基因和匹配细胞类型。在三个数据集（22,315 到约 313,000 个细胞）上的基准测试显示，scPyviewer 渲染每个核心视图都更快（最高 3.6 倍加速），使用更低内存（在最小数据集上低 5.2 倍）。在 313,000 个细胞上，scPyviewer 完成所有视图，而 Seurat 耗尽 8 GB 内存限制并失败。除应用外，scPyviewer 还暴露一个 Python API，返回 Matplotlib 图形和 pandas 表格，用于出版级输出。
可用性和实现：使用 Python 3.11（scanpy 1.11.5、anndata 0.12.19、streamlit 1.59.2、plotly 6.9.0）实现，提供一键命令界面以复现基准、图形并启动应用。源代码：此 https URL
| 主题： | 基因组学 (q-bio.GN)；人工智能 (cs.AI) |
| 引用为： | arXiv:2610.35890 [q-bio.GN] |
| （或 arXiv:2610.35890v1 [q-bio.GN] 用于此版本） | |
| https://doi.org/10.48550/arXiv.2610.35890 由 DataCite 颁发的 arXiv DOI |
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来自：Hao Xuan [查看电子邮件]
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2026年9月10日星期四 20:19:01 UTC (1,752 KB)
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